HijackThis erkennt Spyware und andere Malware (wie Trojaner oder Würmer). Das Programm identifiziert schnell verdächtige Elemente in den Windows-Einstellungen, um diese einfach zu reparieren. Dazu werden spezielle Bereiche in der Registrierung und der Festplatte durchsucht und mit den Standardeinstellungen verglichen. Wird eine Abweichung festgestellt, so wird diese in einem Protokoll (Logfile) angezeigt. Der Benutzer muss selbst entscheiden, was er löschen will. Daher sollte HijackThis nur von erfahrenen Anwendern eingesetzt werden.
